Erste Siedlungshinweise wie Feuerstellen, Holzpfostenreste und Waffen aus Bronze gab es schon ab der Jungsteinzeit (3500-2000 v. Chr.).
Zur Zeitenwende lebten in der Region Marser Germanen zwischen den Flüssen „Ruhr“ und „Lippe“ mit ihrem Heiligtum „Irminsul“ auf der Eresburg in Marsberg, die auch an der Varus Schlacht im Teutoburger Wald teilnahmen.
Eine durchgehende Besiedlung erfolgte nach der Völkerwanderung ab ca. 600 n. Chr. durch die Sachsen, insbesondere durch den von Norden kommenden Stamm der „Engern“.
Im Zuge der Sachsenkriege (772-785 n. Chr.) erobern die christlichen Franken das freie Sachsenland (heute Westfalen und Niedersachsen). Dabei sollen Soldaten des Frankenkönigs „Karl der Große“ auch eine heidnische Kult-/ Thingstätte zwischen Siddinghausen und Kneblinghausen an der heutigen „Hagellinde“ zerstört haben. Der Legende nach soll dann eine Linde mit der Krone in die Erde und der Wurzel zum Himmel gepflanzt worden sein mit den Worten: „So wahr wie das Christentum ist, so wahr wird diese Linde Früchte tragen“. Die heutige Hagellinde ist ca. 700-800 Jahre alt. Der alte, heidnische Opferstein soll noch sehr lange als „Spiggestein“ (Spuckstein) vor dem Kircheneingang gelegen haben.
Nach weiteren Überlieferungen erbaute der sächsische Adelige namens Sidag eine hölzerne Kirche, die 799 n. Chr. von Papst Leo III, dem Frankenkönig Karl dem Großen und weiteren Würdenträgern eingeweiht wurden. Die Gehöfte um die Kirche wurden nach ihrem Namensträger „Sidag“ dann „Sidaghusen“ und später „Siddinghausen“ genannt.
Um 870 n. Chr. wurde an gleicher Stelle eine Bruchsteinkirche und ca. 1200 n. Chr. eine romanische Sandsteinkirche eingeweiht.
1568 n. Chr. konvertierte die Gegend unter Druck der Edelherren von Büren zum evangelischen Glauben (Calvinismus), kehrte aber im Jahre 1643 n. Chr. unter Fürstbischof „Dietrich von Fürstenberg“ zum katholischen Glauben zurück.
Der 30-jährigen Krieg (1614-1648 n. Chr.) zog viermal durch das Almetal, worunter die Bevölkerung sehr litt. Noch mehr litt die Bevölkerung unter dem Hexenwahn. Mehr als 100 Menschen aus dem Almetal, in welchem knapp 1000 Personen lebten, wurden im Hexenkeller der Burg Ringelstein zum Tode verurteilt – auch Siddinghäuser.
1723 n. Chr. wurde unter Mithilfe der Bürener Jesuiten die renovierungsbedürftige Kirche zur heutigen Barockkirche umgebaut. Kirchenpatron ist „Johannes der Täufer“.
1814 n. Chr. zerstörte ein großer Brand viele Gebäude. Soldaten der sich zurückziehenden „Großen Armee Napoleons“ retteten die brennende Kirche.
Von 1800-1850 n. Chr. sank die Einwohnerzahl von 400 auf 200 Personen. Viele Familien wanderten aus wirtschaftlicher Not nach Amerika aus.
Im ersten Weltkrieg fielen 17 Soldaten, im zweiten Weltkrieg 44 Soldaten, 10 wurden vermisst.
Nach der „Maueröffnung“ 1989 n. Chr. kamen ca. 150 Spätaussiedler. Die Einwohnerzahl stieg auf 1150 Personen.
Im Jahre 1999 n. Chr. feierte Siddinghausen das Dorfjubiläum „1200 Jahre christliches Siddinghausen“. Die Einwohnerzahl lag wieder knapp unter 1000 Personen.