Siddinghausen liegt circa vier Kilometer entfernt von Büren. Der Ort liegt in einem Tal, das in Richtung Büren durch den Mühlenberg begrenzt wird. Auf der gegenüberliegenden Seite begrenzen Ausläufer des Arnsberger Waldes den Ort.
Siddinghausen liegt im Regenschatten des Sauerlandes und hat eine Niederschlagsmenge von etwa 800 bis 850 mm im Jahr.
Der Ort liegt an der Landstraße 637, die von Büren in das Nachbardorf Ringelstein führt. Siddinghausen wird des Weiteren durch die Kreisstraße 65 mit dem benachbarten Kneblinghausen im Kreis Soest verbunden.
